Seperti mahkluk hidup lainnya, ikan mengeluarkan produk kotoran (kencing dan kotoran). Produk kotoran bernitrogen ini terurai ke amonia (NH3) yang beracun bagi hampir semua ikan. Di alam, jumlah air per ikan sangat tinggi sehingga produk kotoran ini larut dalam konsentrasi yang rendah. Tetapi di dalam aquarium, hanya memakan waktu beberapa jam saja konsentrasi amonia ini akan mencapai kad ar yang beracun. Berapa banyak amonia kebanyakan? Jawaban singkatnya adalah jika alat pengukur/test dapat mengukurnya, berarti anda kebanyakan amonia. Dengan kata lain kadar amonianya cukup tinggi untuk membuat ikan menjadi stres. Pertimbangkan aksi darurat untuk mengurangi bahaya seperti pergantian air atau penambahn ziolit.
Dalam bahasa aquaria, siklus nitrogen atau lebih tepatnya siklus nitrifikasi adalah proses biologis yang merubah amonia ke bentuk nitrogen lainnya yang relatif tidak berbahaya. Untunglah ada beberapa jenis bakteri pengurai yang melakukan perubahan ini untuk kita. Beberapa jenis seperti Nitrosomonas sp. mer
ubah amonia ke nitrit(N02-). Bakteri lainnya Nitrobacter sp. merubah nitrit menjadi nitrat(NO3-). Dengan demikian siklus aquarium adalah proses penumbuhan koloni bakteri dalam lapisan filter yang merubah amonia ke nitrit lalu ke nitrat.
